Gdy wybuchła II wojna światowa 1 września 1939 r. po wkroczeniu Niemiec na ziemie polskie, prezydent Rzeczpospolitej Polskiej, Ignacy Mościcki, wydał dekret, na podstawie którego od 2 do 8 września 1939 r. zwolniono wielu więźniów, m.in. z więzienia mokotowskiego. A po 8 września służba więzienna wywiozła z Mokotowa część więziennych archiwów administracyjnych, zaś pozostałe materiały, jak księgi więzienne i personale akta więźniów, zostały przejęte przez władze niemieckie, które na ich podstawie odnalazły zwolnionych więźniów i ponownie ich osadziły w więzieniu.
Podczas zaciętych walk o Warszawę, naczelnik więzienia mokotowskiego Kobyłecki ewakuował część więźniów pod opieką Straży Więziennej na wchód Polski. Zginął on pod Kownem po 17 września 1939 r. W podobnym czasie Zygmunt Bugajski, były naczelnik więzienia mokotowskiego, został zatrzymany przez żołnierzy Armii Czerwonej, którzy przekazali go w ręce przedstawicieli NKWD, następnie przeniesiono go kolejno do obozów w Szepietówce i w Kozielsku. Bugajski został zamordowany przez Sowietów w Lasu Katyńskim wiosną 1940 r. wraz z innymi polskimi oficerami. W Katyniu też zginął strażnik z więzienia mokotowskiego Jerzy Nizina. Jeśli chodzi o ustalenie liczby mokotowskiej służby więziennej straconej w Katyniu, wciąż są wymagane pogłębione badania naukowe.
Kiedy Warszawa została zdobyta 28 września 1939 r. przez wojska niemieckie, także przejęto więzienie w Mokotowie, w którym przeprowadzono remonty po walkach wrześniowych. Pod względem administracyjnym już w październiku 1939 r. władze niemieckie utworzyły jednostkę administracyjno-terytorialną Generalne Gubernatorstwo, które objęło ziemie pobite przez wojska niemieckie, nie anektowane do III Rzeszy. Początkowo te ziemie podzielone na dystrykty: warszawski, radomski, lubelski, krakowski, a w 1941 r. pojawił się galicyjski. Więzienie mokotowskie znajdowało się dystrykcie warszawskim Generalnego Gubernatorstwa. W raz ze zmianami terytorialnymi dokonano zmian m.in. w więziennictwie. Jeszcze w październiku 1939 r. utworzono Departament Karny, przekształcony wiosną 1940 r. w Zarząd Zakładów Karnych podległy Głównemu Wydziałowi Sprawiedliwości. Więzienie w Mokotowie podlegało pod Kriminalpolizei (Kripo, niemiecka policja kryminalna), także zachowało swą właściwość sprzed 1939 r., bowiem wciąż było przeznaczone dla więźniów karnych. Więziono osoby różnej narodowości.
Oficjalna nazwa więzienia podczas II wojny światowej brzmiała GefängnisWarschau (Więzienie Warszawa), a od drugiej połowy 1942 r. Deutsche Strafanstatt Warschau (Niemiecki Zakład Karny, Niemiecki Zakład Karny w Warszawie). Inne potoczne nazwy to: GefängnisMokotow albo Rakowiecka-Gefängnis.W okresie II wojny światowej władze Niemieckie z powodu braku kadry w więzieniach wezwały polski personel więzienny pod groźbą surowych kar po karę śmierci. Naczelnikiem w październiku 1939 r. ponownie został Ficke, pełnił tę rolę do Powstania Warszawskiego, jednakże rzeczywistą władzę w więzieniu sprawowali Langebartels, Hieynagier i Kircher, inspektor sądowy. Ficke zajmował się sprawami gospodarczymi i kwestiami finansowymi, zaś we wrześniu 1944 r. został wywieziony do niemieckiego obozu przejściowego w Pruszkowie. Przeżył wojnę.
W więzieniu mokotowskim po wrześniu 1939 r. przetrzymywano więźniów politycznych, jak na przykład Stefana Starzyńskiego, prezydenta Warszawy. Również więziono grupę polskich oficerów przywiezionych z niemieckiego oflagu VII A – Murnau, których przeniesiono do więzienia przy ulicy Daniłowiczowskiej. Zaś w marcu 1940 r. osadzono Janusza Kusocińskiego, wybitego sportowca. Z więzienia mokotowskiego przewieziono go na przesłuchanie do siedziby Gestapo przy alei Szucha, następnie do więzienia przy ulicy Dzielnej na tzw. Pawiak, a stamtąd wywieziono go do Palmir pod Warszawą, gdzie został rozstrzelany przez wojska niemieckie, w ramach realizowanej przez Niemców akcji o kryptonimie AB (Ausserordentliche Befriedungsaktion, Nadzywczajna Akcja Pacyfikacyjna), skierowanej przeciw polskiej inteligencji. Do więzienia mokotowskiego też trafiali na krótki czas osadzeni z innych więzień. Na przełomie wiosny 1940 r. odnotowano w więzieniu przeludnienie, w tym niedożywienie, przez co panowały złe warunki, które sprzyjały szerzeniu się chorób, jak gruźlica płuc, dur plamisty, czy inne choroby wynikające z braku odpowiedniego jedzenia. Po raz pierwszy i zarazem jedyny w marcu 1940 r. 75 kobiet było więźniarkami. Z tego powodu zatrudniono niezbyt liczny personel kobiecy.
W więzieniu mokotowskim służbę pełniło około 140 strażników. Z kolei personel polski w więzieniu mokotowskim starał się prowadzić konspirację w ramach wywiadu więziennego Służby Zwycięstwu Polski/Armii Krajowej (dalej: AK) i Towarzystwa Opieki nad Więźniami „Patronat”. Również działała siatka konspiracyjna „998”. Konspiratorzy zajmowali się na przykład rozpowszechnianiem bibuły, pomocą w organizowaniu ucieczek osadzonych z więzienia, dostarczaniem pożywienia albo grypsów. W celu ochrony funkcjonariuszy przed dekonspiracją przenoszono ich do innych więzień. Siatę konspiracyjną polskich strażników więziennych w więzieniu w Mokotowie tworzyli m.in. Adam Szumski, Michalina Wojciechowska, Józef Miernicki, Olech Szumowski, Franciszek Mozdżyński, Ignacy Purgał, Henryk Pyda, Marian Kwiatkowski, Józef Miernicki, Aleksander Jaworski, czy Władysław Chmielewski. Wielu z nich zostało zdemaskowanych przez władze niemieckie, za co ponieśli karę śmierci przez rozstrzelanie albo zostali wywiezieni do niemieckich nazistowskich obozów koncentracyjnych.
Tydzień przed wybuchem Powstania Warszawskiego Niemcy wypuścili z więzienia mokotowskiego niemieckich osadzonych, też volksdeutchów (osoby wpisana na listę osób pochodzenia niemieckiego) i kilku Polaków. Według relacji Kirchnera w więzieniu pozostało 826 więźniów, a na podstawie „Księgi inspekcyjnej” wiadomo, że pozostało 817. Przerwano zwalnianie więźniów, ponieważ wyszedł fakt przyjmowania łapówek od rodzin, które starały się o uwolnienie bliskich z więzienia. Na 29 lipca władze niemieckie zarządziły ewakuację więźniów, ale rozkaz odwołano po południu, gdyż zadecydowano, że osadzeni przydadzą się do kopania okopów na terenie Warszawy. Z tego pomysłu zrezygnowano 1 sierpnia. W tym dniu obowiązki kierownika więzienia przejął Kirchner, gdyż w pracy nie zjawił się Ficke. Jeszcze w dniu 1 sierpnia wypuszczono jedenastu osadzonych. Z tego dnia pochodzi ostatni zapis z „Księgi inspekcyjnej” z podpisem oficera i stanem więźniów.
Autor: dr Barbara Świtalska-Starzeńska.
Projekt i realizacja AKPROstudio