W dniu 1 sierpnia 1944 r. o godzinie 17:00. wybuchło Powstanie Warszawskie. W obszarze więzienia walczyła 1. kompania szturmowa 4. Rejonu Obwodu Mokotów AK dowodzona najpierw przez ppor. Antoniego Figurę „Kota”, a potem przez Kazimierza Grzybowskiego „Misiewicza”. Teren wokół więzienia był gęsto zajęty przez dobrze uzbrojone wojska niemieckie. Według relacji Kirchnera do więzienia weszło około od 100 do 120 powstańców, do których strzelali żołnierze niemieccy. Walki trwały do 2 sierpnia, jednak powstańcom nie udało się opanować więzienia. Wyższe władze niemieckie wydały ustny rozkaz przeprowadzenia egzekucji na więźniach, którą nadzorował Martin Patz, SS-obersturmführer, komendant SS-Stauferkaserne i dowódca 3. zapasowego batalionu uzupełnień grenadierów pancernych SS. Żołnierze niemieccy przejęli w zarząd więzienie mokotowskie. Nie sporządzono listy imiennej osadzonych, także rozbrojono polskich funkcjonariuszy Straży Więziennej.
Jeszcze tego samego dnia około godziny 16:00 niemieccy żołnierze przystąpili do egzekucji więźniów, natomiast Kirchner niszczył dokumenty więzienne w kotłowni. SS-mani najpierw wyprowadzili sześćdziesięcioosobową grupę, głównie mężczyzn, którym rozkazali wykopanie doły na dziedzińcu. Według relacji z 4 maja 1948 roku byłego polskiego osadzonego w Mokotowie, Antoniego Józefa Porzygowskiego (ur. 1891), który przeżył eksterminację przeprowadzoną przez Niemców, były to trzy doły. Pierwszy wykopano wzdłuż Pawilonu X po stronie pralni, drugi na placu spacerowym od strony alei Niepodległości, zaś trzeci na placu spacerowym od strony ulicy Kazimierzowskiej. Miały one mieć od 20 do 25 m długości, metr głębokości i 2 metry szerokości. SS-mani zamordowali więźniów wykopującą tuż przed chwilą doły. Zabito nad tymi grobami następną grupę z Izby Chorych.
Niektórzy, mniej chorzy więźniowie uciekli z izby wspiąwszy się po prześcieradłach na strych, na którym schowali się przed wrogiem i doczekali tam nocy. Dzięki temu uniknęli losu pozostałych więźniów. A proceder mordowania więźniów trwał godzinami, niemal cały dzień. Żołnierze niemieccy podczas egzekucji spożywali w dużych ilościach alkohol. Wyprowadzali kolejne grupy z oddziałów.
Czoła niemieckim żołnierzom zdołały stawić oddziały VI i VII. Więźniowie stoczyli walkę o życie. Na oddziale VI więźniowie ewakuowali się z cel poprzez wybijanie dziur w ścianach do cel obok, też rozbijali ławami drzwi wejściowe, a sienniki wykorzystali jako płonące barykady, ponieważ wyłożyli nimi przejścia do niżej usytuowanych wydziałów. Powstałe płomienie, jak i dym, skutecznie odcięły drogę niemieckim żołnierzom starających się pochwycić więźniów. W tej sytuacji żołnierze przeszli przez oddział VI na oddział VII. W takcie wchodzenia do jednej z cel, na esesmanów wyskoczył młody więzień. Podczas krótkiej szarpaniny otrzymał on postrzał. Kiedy Niemcy chcieli go dobić, pozostali więźniowie rzucili się w jego obronie, w wyniku czego przejęli oni uzbrojenie od żołnierzy. Po chwili rzucone granaty przez więźniów na korytarz zmusiły do odwrotu esesmanów. Na oddział próbowała ponownie wejść tym razem spora grupa uzbrojonych niemieckich żołnierzy, z którymi więźniowie ponownie stoczyli walkę. Ci drudzy odebrali broń, a część Niemców zbiegła. Nocą około 300 więźniów zdołało po dachu więzienia zbiec z obiektu na aleję Niepodległości, obszar objęty przez Powstańców. Ucieczka ta była możliwa do zrealizowana też dzięki pomocy udzielonej przez mieszkańców cywilnych Mokotowa, którzy przynieśli drabiny.
Należy tutaj jeszcze nadmienić, że gdy wykopane doły przez więźniów były już przepełnione zwłokami zabitych, niemieccy żołnierze przechodzili z ofiarami na drugą stronę ulicy Rakowieckiej. Szacuje się, że zginęło podczas tej masakry w dniu 2 sierpnia 1944 r. około 600 więźniów. Co więcej, nie wiadomo do dziś jaki los spotkał polską służbę więzienną przy Rakowieckiej. Ponadto Niemcy wykorzystali teren więzienia do zabijania mieszkańców Mokotowa.
Niemieckie wojska przejęły 27 września 1944 r. rejon Mokotowa z rąk Powstańców, a samo Powstanie Warszawskie, po 63 dniach walki, upadło i zakończyło się 2 października 1944 r.
Do ekshumacji ciał więźniów mokotowskich przystąpiono w kwietniu 1945 r. Podjęli się tego Polski Czerwony Krzyż wraz z zarządem miejskim. Podczas prac ekshumacyjnych, wydobyto około 700 ciał. Większość z nich była w ubiorze więziennym. Wstępne oględziny ciał wykazało, że ofiary były zabijana na dwa sposoby. Jednym z nich był strzał w głowę, a drugim duszenie. Niemiecki sąd w Kolonii w 1980 r. skazał byłych ss-manów: Martina Patza i Karla Mislinga na karę więzienia za dokonanie morderstwa na więźniach w Mokotowie przy Rakowieckiej 37. Patz otrzymał karę 9 lat pozbawienia wolności, a Misling 4 lata i pół roku.
Wstrząsający opis zbrodni z 1944 r. przekazał w maju 1948 r. Okręgowej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich w Warszawie Antoni Porzygowski, więzień „Mokotowa”, który cudem uniknął śmierci:
„W dniu 2 VIII 1944 r. około godziny 16-tej oddział SS, zdaje się z koszar położonych naprzeciwko więzienia zajął więzienie. SS-mani zabrali więźniów z dwóch oddziałów na dole, gdzie siedzieli więźniowie pod śledztwem. Kazali im kopać doły długości 25 m do 30 m, szerokości 2 m, głębokości 1 m. Wzdłuż pawilonu X po stronie pralni, drugi na placu spacerowym od strony ulicy Aleje Niepodległości, trzeci na placu spacerowym od strony ulicy Kazimierzowskiej. Widziałem to z okien mojej celi na pierwszym piętrze od strony placów spacerowych, widziałem, jak w czasie kopania dołu przez więźniów grupa ok. 12 SS-manów piła wódkę z pełnych butelek litrowych wyjmowanych ze skrzyni. Po wykopaniu dołów widziałem, jak SS-mani kazali stanąć twarzą do dołu grupie około 60 więźniów, którzy kopali i strzelali do nich z ręcznych karabinów maszynowych od tyłu. Słyszałem, jak SS-mani otwierali na pierwszym piętrze cele i zabierali więźniów, których następnie przyprowadzili do dołów grupami po kilkunastu i rozstrzeliwali od tyłu. Niektórym przed rozstrzelaniem kazali zdejmować buty i ubranie. Widziałem, jak w ten sposób rozstrzelano część więźniów, także z izby chorych. […] Posłyszałem, iż do mojej celi zbliżają się SS-mani i wtedy ukryłem się pod łóżkiem. Byłem wtedy tylko w celi z Janem Landzkim (pod śledztwem za handel nielegalny). […] SS-mani zabrali najprzód Landzkiego. Następnie SS-man podniósł łóżko i zaczął mnie kopać nogami i wyprowadził mnie nieco później. Schodząc z pierwszego piętra, widziałem na parterze Landzkiego w grupie innych więźniów. […] Mnie wyprowadzono pojedynczo do dołu koło kotłowni na placu spacerowym od strony Alej Niepodległości. SS-man kazał mi odwrócić się twarzą do dołu, strzelił i kopnął nogą. Kula przeszła mi za uchem (słyszałem świst) i upadłem twarzą na zwłoki. Leżałem bez ruchu, a po chwili już oprzytomniałem. Na mnie padały zwłoki. Słyszałem strzały egzekucyjne oraz dobijające rannych, gdy ktoś się poruszył. W pewnej chwili nie mogąc znieść ciężaru zwłok, postanowiłem wstać i skończyć życie, byłem pewny, że SS-mani zaraz po podniesieniu się zastrzelą mnie. Spojrzałem do góry i zobaczyłem, że nikogo nade mną nie ma. Z trudem wydostałem się spod trupów, gubiąc portfel i wyczołgałem się pod kotłownię, gdzie się zagrzebałem w miał. Razem ze mną wydostał się spod trupów więzień, którego nazwiska nie znam. Wiem, że rozstrzelano mu wtedy ojca i brata. Był sam ranny w ucho prawe”. Więźniowie obserwujący z wyższych pięter głównego budynku przebieg egzekucji podjęli próbę samoobrony. Jej przebieg opisał jeden z uratowanych więźniów:„Kiedy zaczęła się egzekucja, więźniowie podnieśli ogromny wrzask, wołając o pomoc ze strony powstańców. Krzyk ten usłyszeli chorzy będący w oddzielnym budynku i lżej chorzy po prześcieradłach wdrapali się na strych, a w nocy poprzez mur uciekli. Ciężko chorych Niemcy zmusili do wyjścia i nad dołem zastrzelili. […] Następnym oddziałem miał być oddział VI, na którym byłem i ja (cela 32). Widząc, co się dzieje, postanowiliśmy próbować ucieczki lub zginąć w walce. W tym czasie kiedy trwała egzekucja, my przy pomocy ław wybiliśmy drzwi od cel na korytarz (cela 32, 34), dokładnie już nie pamiętam, i na korytarzu podpaliliśmy sienniki i słomę, uprzednio już wyrzucone, tworząc ogromną barykadę. Kiedy Niemcy zobaczyli, że cały korytarz jest w ogniu, otworzyli ogień wzdłuż korytarza. Wszystkich drzwi do cel nie można było otworzyć, więc więźniowie powybijali dziury w ścianach od jednej do drugiej celi i w błyskawicznym tempie, nie będąc narażonym na ostrzał, mogliśmy swobodnie poruszać się wzdłuż całego oddziału VI. Niemcy, nie mogąc przez ogień przejść, wkroczyli na oddział VII. Z celi 36 ocalał tylko jeden, co zdążył ukryć się w sienniku. Po bohatersku zachowała się cela 37. Kiedy trzech Niemców weszło do celi, jeden z młodych chłopaków stawił opór, a kiedy otrzymał postrzał i runął na asfalt celi, rozwścieczony Niemiec rzucił się na niego. Było to jakby hasłem dla więźniów. Porwali za kubki, miski, noże i co kto miał pod ręką i dalej na Niemców. Dwaj Niemcy uciekli na korytarz, a w międzyczasie jeden z więźniów wyrwał granaty zza pasa ubitego już Niemca i rzucił je na korytarz za uciekającymi. Po wybuchu granatów Niemcy uciekli na dół po pomoc (oddział VI, VII, IX były na drugim piętrze), lecz więźniowie z oddziału VI, korzystając z ich osłupienia, zbudowali potężną barykadę z żelaznych łóżek (wyrwane ze ścian), stołów i ław, uniemożliwiając w ogóle dojście z dołu po schodach na nasze oddziały VI, VII i IX. Dokoła barykady podłożone były sienniki ze słomą, ażeby na wypadek ataku podpalić je. W tym samym czasie ubitego Niemca z celi 37 wsadzono głową do ogromnej beczki z wodą stojącej na korytarzu, zabierając granaty i pistolet. Resztę drzwi na oddziale VII piorunem wybito, po czym przystąpiliśmy do rozbijania drzwi oddziału IX, gdzie byli trzymani tzw. »małolatki« do lat 16 czy 17. W czasie całej tej akcji zapadł wieczór i po wybiciu wszystkich drzwi stojących na przeszkodzie oraz wybiciu dziur w ścianach (gdzie nie było innego wyjścia) i dachu, po murach i dachach wśród ulewnego deszczu w nocy z 2 na 3 sierpnia 1944 r. uciekliśmy na Aleje Niepodległości. Teoretycznie więc ocalał cały oddział VI i IX oraz VII bez celi 36. Piszę teoretycznie, bo dużo zginęło jeszcze w czasie samej ucieczki lub też później w powstaniu”.
Autor: dr Barbara Świtalska-Starzeńska.
Projekt i realizacja AKPROstudio