W więzieniu na Rakowieckiej spędził 27 miesięcy. Był wielokrotnie przesłuchiwany, poddawany torturom, zamykany w karcerze. Komuniści chcieli go wykorzystać w pokazowym procesie prymasa Stefana Wyszyńskiego. Nie dał się złamać.
„Zaprowadzono mnie do pustej betonowej celi, w której była prycza, taboret, dzban wody z miednicą i kibel. Groźnie skrzypiał potężny klucz w żelaznych drzwiach i wreszcie nastała cisza. Przez zakratowane okno i matowe szybki z góry zaglądał ponury poranek 26 września 1953 r.” – tak swoje osadzenie w więzieniu na Rakowieckiej wspominał w 1974 r. abp Antoni Baraniak. W więziennym depozycie kazano mu zostawić teczkę z bielizną, wszystkie insygnia biskupie, a nawet różaniec, który miał w kieszeni.
Antoni Baraniak, w 1953 r. jeszcze biskup, był bliskim współpracownikiem prymasa kard. Stefana Wyszyńskiego, jego sekretarzem. Wcześniej pełnił tę funkcję u boku kard. Augusta Hlonda. Był doskonale zorientowany w sprawach polskiego Kościoła. I to właśnie chciała wykorzystać bezpieka – zmusić go do zeznań przeciwko prymasowi i zorganizować pokazowy proces. Celem było zniszczenie autorytetu prymasa, a tym samym uderzenie w polski Kościół.
Biskup Antoni Baraniak na Rakowieckiej spędził 27 miesięcy. Z zachowanych protokołów bezpieki wynika, że był przesłuchiwany 145 razy – niekiedy po kilkanaście godzin bez przerwy. Na przesłuchania wzywano go nawet wtedy, kiedy przebywał w więziennym szpitalu. Z relacji osób, którym biskup zwierzył się z tego, co spotkało go w mokotowskim więzieniu, wiemy, że był torturowany, bity, zamykany nago w karcerze, zrywano mu paznokcie.
Gastrolog dr Milada Tycowa, która opiekowała się arcybiskupem tuż przed jego śmiercią, opowiedziała o bliznach na jego plecach. „To, że był tak wyniszczony, było na pewno skutkiem przebywania w więzieniu, gdzie przecież wiadomo, że był maltretowany. Świadczyły o tym blizny na plecach, bo był tak brutalnie przesłuchiwany. W czasie badania przedmiotowego zauważyłam te blizny i zapytałam arcybiskupa, od kiedy to ma, to mi powiedział, że to jest pamiątka po pobycie w więzieniu. Było to pięć, sześć tych blizn, takich pięcio- czy nawet dziesięciocentymetrowych, to były duże blizny” – opowiadała dr Tycowa. Mimo brutalnego traktowania biskup Baraniak nie dał się złamać. Nie złożył zeznań, których oczekiwała bezpieka.
Kard. Wyszyński o aresztowaniu biskupa Baraniaka dowiedział się, kiedy był więziony w Komańczy. W swoich zapiskach odnotował: „Opinia, krążąca po więzieniu, przekazywała o nim najlepsze wrażenie. Wiedziano w Mokotowie, że biskup Baraniak trzyma się dzielnie i zajmuje godną postawę wobec swoich śledczych. Wiedziano, że biskup był »pod śledztwem«, że to śledztwo było długotrwałe i bardzo uciążliwe, że biskup nikogo nie obciążył. Mówiono, że wywiera on dobry wpływ na więźniów, którym dodaje otuchy, imponuje swoją kapłańską postawą i najlepszym usposobieniem. »Zwycięża siebie«, »zadziwia siłą duchową«, chociaż siły fizyczne są tak słabe, że budzą obawę wszystkich współwięźniów”.
W 1955 r. Naczelna Prokuratura Wojskowa uznała, że nie ma dostatecznych dowodów, by oskarżyć biskupa Baraniaka. 29 grudnia 1955 r. został on zwolniony z więzienia. Nakazano mu jednak pobyt w domu salezjańskim w Marszałkach. Był tam pilnowany i izolowany.
Do kierowania sekretariatem prymasa mógł wrócić dopiero w październiku 1956 r. W 1957 r. został mianowany przez papieża Piusa XII arcybiskupem metropolitą poznańskim.
Zmarł 13 sierpnia 1977 r. po długiej chorobie. Rozpoczęcie jego proces beatyfikacyjnego zapowiedział w 2017 r. abp Stanisław Gądecki. W naszym muzeum każdego 26 dnia miesiąca odprawiana jest msza w intencji beatyfikacji abp Baraniaka.
Sylwetkę tego niezłomnego kapłana przybliżał w serii wykładów w naszym muzeum ks. prof. Jarosław Wąsowicz. Nagrania z tych spotkań są dostępne na YouTube.